系统脱盐率是反渗透系统对盐的整体脱除率，它受到温度、离子种类、回收率、膜种类以及其他各种设计因素的影响，因而不同的反渗透系统的系统脱盐率是不一样的，其计算公式为
(总的给水含盐量-总的产水含盐量)
系统脱盐率= ×100%
总的给水含盐量</DIV>
有时出于方便的原因，也可以用下列公式来近似估算系统脱
盐率
(总的给水电导率-总的产水电导率)
系统脱盐率= ×100%
总的给水电导率