由于纯水的活度高，极易溶解气体，吸收空气中的二氧化碳，所以超纯水设备必须严格密封或充氮保护。如采用不锈钢管输送，内表面要经酸洗，尽量缩短输送距离，同时要经常杀菌防止微生物污染。新设备运转前要对整个系统进行灭菌，用活性炭和阳离子交换树脂在温度105℃下，灭菌30-60min，或将树脂转变为钠型后再用0.5%NaCIO溶液浸1-3h。一般一个月灭菌一次，对制药工业每周灭菌一次。